Michael Scofield (Wentworth Miller) je úspěšný civilní inženýr. Jeho starší bratr (Lincoln Burrows) žije zcela jiný život, často končící na hranici kriminality. V době, kdy se seriál odehrává, je Lincoln obviněn z vraždy Terrence Steadmana (bratra viceprezidentky Spojených států). Bratr Michaela má být odsouzen za vraždu prvního stupně a má být popraven na elektrickém křesle. I když téměř všechny důkazy jednoznačně prokazují jeho vinu, bratr Michael věří že vraždu neprovedl. Lincoln přísahá, že je nevinný.
Michael přepadne banku, aby se dostal do vězení vedle svého bratra. Hned potom, co se dostaví vozy a helikoptéra policejní protiakce, se Michael vzdává. Michael je poslán do stejného vězení jako jeho bratr. Jeho případu se ujme mnoholetá rodinná známá právnička Veronica Donovanová. V soudním procesu je Michael shledán vinným z ozbrojeného přepadení.
Podmíněný trest je zamítnut, protože Michael ze zbraně během přepadení střílel. Je odsouzen k pětiletému vězení a žádá o přidělení věznice v blízkém okolí (je poslán do věznice Fox River, kde je i jeho bratr Lincoln).
Když se Michael ocitne za zdmi vězení, začíná jeho tajná cesta k osvobození bratra. Michael připravil vysoce promyšlený plán na osvobození svého bratra z Fox River (má velkou výhodu, protože jako stavební inženýr se účastnil přebudovávání této věznice). Celé své tělo si nechá potetovat zakódovanou mapou věznice. Jakmile se Michael dostane do věznice, pracuje čas proti němu. Aby mohl osvobodit bratra dřív, než bude pozdě, projde velmi složitou cestou plnou překážek.
